1960'ların başında, Charles Xavier ve Erik Lehnsherr, mutantların varlığını dünyaya açıklamadan önce tanışır. İkili, diğer mutantları bulmak ve onları eğitmek için bir araya gelir. Ancak, aralarındaki ideolojik farklılıklar zamanla belirginleşir. Bu sırada, Sebastian Shaw adında tehlikeli bir düşman, dünyayı kaosa sürüklemeye çalışır. Shaw'un planlarını durdurmak için Xavier ve Lehnsherr, güçlerini birleştirir.

Mutantlar arasında dostluklar ve düşmanlıklar gelişir, her biri kendi yeteneklerini keşfeder. Xavier, barışçıl bir yaklaşımı savunurken, Lehnsherr intikam peşindedir. Shaw'un tehdidi büyüdükçe, mutantlar arasında gerilim artar. Sonunda, herkes kendi yolunu seçmek zorunda kalır.