Antik çağlardan beri var olan güçlü mutant Apocalypse, uzun bir uykudan uyanır ve dünyayı yeniden şekillendirmek ister. Bu amaçla, kendisine dört güçlü mutantı yardımcı olarak seçer. Magneto, Storm, Psylocke ve Angel, Apocalypse'in yanında yer alır. Ancak, Profesör X ve genç X-Men ekibi, bu tehdidi durdurmak için bir araya gelir. Jean Grey, Cyclops ve Nightcrawler gibi yeni nesil mutantlar, bu mücadelede önemli rol oynar.

Apocalypse'in planları, dünyayı büyük bir yıkıma sürükleyebilecek potansiyele sahiptir. X-Men ekibi, bu tehdidi durdurmak için güçlerini birleştirir. Mücadele sırasında, mutantlar kendi sınırlarını zorlar. Sonunda, büyük bir çatışma kaçınılmaz hale gelir. Apocalypse'in gücü karşısında, X-Men ekibi zorlu bir sınavla karşı karşıya kalır.