X-Men ekibi, mutantların sıradan insanlar gibi yaşamalarına olanak tanıyan bir çözüm geliştirilmesiyle önemli bir dönüm noktasına ulaşır. Ancak bu çözüm, Amerikan hükümeti tarafından zorla uygulamaya konulunca, mutantlar arasında büyük bir tartışma başlar. Tedavi sürecinin onları bir silah haline getirmek amacıyla üretildiğini fark ederler ve bu durum, direniş hareketine dönüşür. Liderliğini Magneto'nun üstlendiği bu hareket, zamanla şiddetli bir çatışmaya dönüşme riski taşır.

Profesör Charles Xavier, bu çatışmayı engellemek için büyük bir sorumluluk alır ve ekibiyle birlikte durumu kontrol altına almaya çalışır. Ancak Jean Grey'in Phoenix olarak geri dönmesiyle güç dengeleri alt üst olur. İnsanlarla mutantlar arasındaki gerilim, şiddetli bir çatışmaya dönüşmeye başlar. Ortada büyük bir karışıklık.