Profesör Xavier, mutant gençleri bir araya getiren bir eğitim kurumu kurar. Bu gençler, genetik mutasyonlar sonucu çeşitli yetenekler kazanmış bireylerdir. X-Men olarak bilinen bu grup, mutantların üstünlüğünü savunan Magneto'ya karşı mücadele eder. Magneto, insanlık için büyük bir tehdit oluşturur. Senatör McKelly ise mutantları yok etme arzusuyla hareket eder, mutantlara karşı düşmanca bir politika izler.

Filmde, X-Men ekibi Magneto'nun planlarını durdurmak için bir araya gelir. Mutantların toplumda kabul görmeme sorunları da işlenir. Xavier ve ekibi, Magneto'nun tehditlerine karşı koyarken, kendi içlerinde de bazı çatışmalar yaşar. Her biri farklı güçlere sahip olan bu karakterler, zorlu bir mücadeleye girişir. Mücadeleleri, beklenmedik olaylarla doludur.