Neo ve Bane, Hammer'ın tıbbi bölümünde baygın yatarken, Neo kendini Mobil Ave adlı sanal bir metro istasyonunda hapsolmuş bulur. Neo, gerçek dünyada da güçlerini kullanabileceğini keşfeder ve zihninin bedeninden kurtulabileceğini anlar. Bu sırada Zion, makinelerle yaklaşan savaşa hazırlanmaktadır. Neo'nun arkadaşları, onu Merovingian'dan kurtarmak için harekete geçer, ancak bilmedikleri bir tehdit daha vardır.

Neo, Smith'in niyetlerini öğrenmek için Oracle'ı ziyaret eder. Oracle, savaşın sona ereceğini belirtir. Neo gittikten sonra, Smith grubu Oracle'ı özümseyerek önceden tahmin etme yeteneklerini kazanır. Gerçek dünyada, Nebuchadnezzar'ın mürettebatı ve Hammer, Niobe'nin gemisi Logos'u bulur ve Bane'i sorgulamaya alır. Neo, Makineler Şehri'ne gitmek için bir gemi talep eder.

Neo, Trinity ile yola çıkar. Hammer’ın mürettebatı, Bane’in Logos’ta olduğunu fark eder, ancak bu bilgiyi iletmek için geç kalmışlardır. Bane, Trinity’i rehin alır ve Neo ile dövüşmeye başlar. Neo, Bane'in Smith tarafından asimile edildiğini anlar ve bir kavga başlar. Neo, Bane'i öldürür ve Trinity, onları Makineler Şehri'ne yönlendirir.

Niobe ve Morpheus, Zion'a doğru yola çıkarlar. Makine Şehri'ne yakın bir yerde, Neo ve Trinity, binlerce füze ile karşılaşır. Logos, Sentinels saldırısına uğrar ve mürettebat, füzelerin geminin üzerinden geçişini izler. Bulut katmanını aşarak, Trinity'nin Güzel kelimesini fısıldadığı Dünya'nın gerçek gökyüzünü görürler.

İniş yaptıklarında, Logos'un Makine Şehri'ne çarpmasına neden olacak şekilde kontrolü kaybederler ve kaza meydana gelir. Trinity bu kazada hayatını kaybeder. Neo, Makineler Şehri'ne girer ve makine lideri ile karşılaşır. Neo, Smith'i durdurmayı, Zion ile barış karşılığında teklif eder. Makine lideri bu teklifi kabul eder ve Nöbetçiler Zion'a saldırmaktan vazgeçer.