Logos'un kaptanı Niobe, Zion'un tüm Hovercraft Gemi Filosunu acil bir toplantıya çağırır. Kaptan Thadeus'un bıraktığı bilgileri kurtarmıştır, 250.000 Nöbetçi Zion'a doğru tünel kazmaktadır. Komutan Lock, Neo, Trinity, Morpheus ve yeni operatör Link dahil olmak üzere tüm gemilere Zion'a dönmelerini emreder. Ajan Johnson, Jackson ve Thompson olay yerine gelir, toplantı kısa bir süreliğine kesintiye uğrar. Neo, üç ajanı etkisiz hale getirir, ardından Kâhin’in apartmanına uçar. Ancak orada kimseyi bulamaz.

Morpheus, Komutan Lock'un emirlerini hiçe sayarak bir gemiden Kâhin ile iletişim kurmak için geride kalmasını ister. Caduceus, Kâhin’den bir mesaj alır ve Nebukadnezzar da Lock'un emrine karşı çıkarak Neo'nun onunla iletişim kurmasına izin verir. Bu esnada, Caduceus mürettebatından Bane, vücudunu ele geçiren Ajan Smith ile karşılaşır. Bane/Smith daha sonra Matrix'i yakındaki bir hat üzerinden terk eder. Zion'a dönen Nebukadnezzar mürettebatı, Morpheus'un yaklaşan makinelerin tehdidini halka duyurduğu bir toplantıya katılır.

Neo, ertesi sabah Kâhin’den bir mesaj alır ve kısa süre sonra onunla ve koruması Seraph ile buluşur. Kâhin’in sistemin bir parçası olduğunu gören Neo, ona nasıl güvenebileceğini sorar. Kâhin, dost mu yoksa düşman mı olacağına dair seçimin yalnızca kendisine ait olduğunu belirtir. Kâhin, sürgün edilmiş bir bilgisayar programı olduğunu açıklar ve Neo'ya, Fransız programı Merovingian'ın evinde bir mahkûm olan Keymaker'ı bularak kaynağa ulaşması gerektiğini söyler.