Superman, Brainiac'in Kandor'u ele geçirdiğini öğrenince harekete geçiyor. Brainiac, Kripton'un en güçlü şehirlerinden birini küçültüp bir kavanoza hapsetmiş durumda. Superman, Brainiac'in gemisine sızarak şehri kurtarmaya çalışıyor. Ancak Brainiac, Superman'in her hamlesine karşı hazırlıklı. İkili arasında amansız bir mücadele başlıyor.

Brainiac, teknolojik üstünlüğünü kullanarak Superman'i zor durumda bırakıyor. Superman, Brainiac'in zayıf noktalarını bulmak için zekasını kullanmak zorunda. Bu sırada Kripton'un yok olma tehlikesiyle karşı karşıya olduğunu fark ediyor. Brainiac'in planları, Kripton'un sonunu getirebilir. Superman, zamanla yarışırken Brainiac'in gemisinde beklenmedik bir müttefik buluyor.