Film, genç Miles Morales'in New York'ta yaşadığı sıradan hayatıyla başlıyor. Bir gün, radyoaktif bir örümcek tarafından ısırılıyor ve kendini birdenbire Örümcek Adam olarak buluyor. Bu sırada, başka bir evrenden gelen Peter Parker ile tanışıyor ve onun rehberliğinde yeni güçlerini keşfetmeye başlıyor. Ancak işler karmaşıklaşıyor çünkü Kingpin adlı kötü adam, farklı evrenleri birleştirmeye çalışıyor ve bu da birçok farklı Örümcek Adam'ın Miles'ın dünyasına gelmesine neden oluyor.

Miles, Gwen Stacy, Peter B. Parker ve diğer Örümcek Adamlarla birlikte Kingpin'i durdurmak için bir araya geliyor. Bu süreçte, her biri kendi yeteneklerini ve deneyimlerini ortaya koyarak Miles'a destek oluyor. Kingpin'in planını engellemek için büyük bir mücadele veriyorlar ve sonunda Miles, kendi yeteneklerine güvenmeyi öğreniyor. Tüm bu olaylar, Miles'ın gerçek bir kahraman olarak kendi yolunu bulmasına yardımcı oluyor.