Star Wars: The Clone Wars, Klon Savaşları'nın başlangıcında, Republic'in Christophsis'te büyük bir zafer kazanmasıyla başlıyor. Anakin Skywalker, yeni çırak Ahsoka Tano ile tanışıyor ve birlikte Hutt Jabba'nın oğlunu kurtarmak için tehlikeli bir göreve çıkıyorlar. Bu görev sırasında, Anakin ve Ahsoka, isyancılarla ve düşmanlarla karşılaşıyor, çeşitli zorluklarla mücadele ediyorlar.