Scooby Doo ve arkadaşları, bir arkeolojik kazı alanında ortaya çıkan hayalet dinozorun peşine düşer. Bu esrarengiz yaratık, bilim insanlarını ve ekibi şaşkına çevirir. Scooby ve Shaggy, dinozorun izini sürerken, diğerleri de kazı alanında ipuçları arar. Dinozorun sırrını çözmek için ekip, çeşitli tehlikelerle karşılaşır.

Bu sırada, fosil araştırmaları yapan bilim insanları da kendi keşiflerini sürdürür. Scooby ve arkadaşları, dinozorun gerçek yüzünü ortaya çıkarmak için çabalar. Ancak işler beklenmedik bir şekilde karmaşıklaşır. Ortada büyük bir karışıklık. Dinozorun sırrı çözülene kadar macera devam eder.