Velmanın kız kardeşi Madelyn in eğitim aldığı Whirlen Merlin Magic Academy yi ziyaret etmek için yola çıkan ekip, Scooby Doo Abrakadabra Doo nun merkezindeki o gizemli yolculuğa böyle adım atıyor. Okula vardıklarında hem büyü gösterileri için hazırlanıldığını hem de etrafta dev bir griffin görüldüğüne dair söylentilerin dolaştığını öğreniyorlar. Fred ile Daphne alanı incelemeye çalışırken Shaggy ve Scooby bir yandan kaybolmamaya bir yandan da tuhaf seslerin geldiği koridorlarda ilerlemeye uğraşıyor. Geceleri okulu çevreleyen ormanda garip gölgeler belirdikçe ekip olayların peşini bırakmıyor ve ipuçlarını topladıkça okulda dönen işlerin sandıkları kadar masum olmadığını fark etmeye başlıyor.