Adalet Birliği'nin kahramanları gizemli bir şekilde kaybolduğunda, Scooby ve ekibi olayı araştırmaya karar veriyor. Ekip, bu zorlu görevi üstlenirken yalnızca kendi yeteneklerine güvenmek zorunda kalıyor. Ancak beklenmedik bir şekilde Süpermen'in köpeği Krypto onlara katılıyor ve ekip yeni bir güçle doluyor. Artık daha da güçlenen grup, kaybolan Adalet Birliği üyelerini bulmak için maceraya atılıyor.

Bu yolculuk sırasında Scooby ve ekibi, beklenmedik tehlikelerle karşılaşıyor. Ancak cesaretleri ve birlikte hareket etme yetenekleri sayesinde bu engelleri aşmayı başarıyorlar. Her adımda birbirlerine daha da kenetlenerek ilerliyorlar ve sonunda kaybolan kahramanları bulmak için ipuçlarını bir araya getiriyorlar. Bu heyecan dolu serüvenin sonunda, Scooby ve ekibi adaleti sağlamak için ellerinden geleni yapıyor.