Efsanevi Pokémon Zarude, Okoya Ormanı'nda dolaşırken bir nehir kenarında terkedilmiş bir bebek buluyor. Onu orada yalnız bırakmak istemeyen Zarude, bebeği yanına alıyor ve ona Koko adını veriyor. Zarude, ormanın derinliklerinde, kimsenin girmesine izin verilmeyen bir kabilede yaşıyor; ancak Koko'ya bakabilmek için kabilesini terk etmek zorunda kalıyor. Zaman geçiyor ve on yıl sonra Pikachu ve Ash Ketchum, Milyfa Kasabasından Okoya Ormanı'na doğru yola çıkmak istiyorlar.

Bu sırada, Biotope Şirketi adına çalışan oldukça vahşi bir Cramorant'ı yakalamaya çalışan bir ekip de bu bölgede bulunuyor ve Ash ile Pikachu, yolda onlara rastlıyorlar. Aynı zamanda, araştırma grubunun Roket Takımı adındaki başka bir ekip tarafından izlendiği de ortaya çıkıyor. Roket Takımı, Biotope şirketi ve sahibi Doktor Zed hakkında bilgi edinmek için araştırma grubunu takip etmeye karar veriyor ve onlara daha da yaklaşmaya çalışıyor.

Bu esnada Koko, Skwovet ile birlikte bir asmadan sallanırken düşüyor ve yaralanıyor. Ash, bu durumu görüp hemen Koko'yu alarak Pokémon Merkezine götürüyor. Ancak Koko, daha önce başka insanlarla karşılaşmamış ve Zarude'nin izin verdiği alanlarda yaşamış olduğu için bu kadar çok insanı görünce korkarak kaçmaya başlıyor. Ash, Koko'nun kendisini bir Pokémon zannettiğini fark ediyor ve bu durum onu şaşkına çeviriyor.

Ash ve Pikachu, hemen Koko'ya ulaşarak ona aslında bir Pokémon olmadığını anlatmaya çalışıyorlar ve diğer insanlar hakkında bilgi vermeye başlıyorlar. Ancak Koko ile Ash ve Pikachu'nun asıl macerası henüz başlamamışken, yakında Ash ve Pikachu, Koko'nun gerçekleriyle yüzleşecekleri bir maceraya atılacaklar.