2044 yılında uzaylı Krang dünyayı işgal etmeye hazırlanırken, tüm Ninja Kaplumbağalar öldükten sonra ustaları, Krang’ın dünyaya ulaşmasını engellemek için öğrencisi Casey Jones’u geçmişe gönderiyor. Shredder’ın iki yıl önceki yenilgisinin ardından, Casey başarılı bir şekilde günümüze ulaşıyor. Leo, Donatello’nun pizza kutusu yığınını geçerken, Raphael hırsızlık olayları nedeniyle ekibi uyarıyor ve aradıkları anahtarın çalınan eşyalar arasında olduğunu fark ediyorlar. Kaplumbağalar, anahtarı geri almak için harekete geçiyor ancak Foot Ninjalar anahtarı kapıyor. Geri döndüklerinde, Raph ve Leo, Leo’nun bencil ve kendini beğenmiş tavırları hakkında tartışıyorlar.

Ayak portalını açmayı başaran Casey ve kaplumbağalar onun peşine düşerken, Krang’ın güçsüzleştirdiği kaplumbağalar geri çekilmeye zorlanıyor. Leo cesur bir hamleyle anahtarı çevirip portalı kapatmayı başarıyor. Raph, Leo’yu kurtarmak için atılırken, kalan kaplumbağalar Casey ile birlikte Raph’ın arkasından gidiyorlar. Diğerleri ise anahtarı bulmak için yerlerinde kalıyor. Portal hazırlanırken, kaplumbağalar anahtarın peşine düşüyorlar. Metro tünellerinde sıkışan kaplumbağalar ve Casey, bir araya gelmeden önce Leo’ya olan kibrini dile getiriyorlar.

Raph, anahtarı buluyor ama Krang tarafından yakalanıyor ve ele geçirdiği anahtarla portalı açmayı başarıyor. Kaplumbağalar, gemiye binmeye çalışırken Don ve Mikey, geminin hareket etmesi için uğraşıyorlar. Leo, Raph’ı kurtarmak için peşine düşüp onu bulduğunda yardım ediyor ve sonunda Raph’ı kurtararak güçlerini geri kazanıyorlar. Diğerleri Krang’ı yakalıyor ve onu hapishane krallığına götürme görevini Leo üstleniyor. Casey, portalı kapatıyor ama bu, Technodrome’un yok olmasına neden oluyor. Krallıkta sıkışıp kalan kaplumbağalar, Mikey’ın geliştirdiği mistik güçleri sayesinde kurtulmayı başarıyorlar.