Kaplumbağa kardeşler, uzun süre insanlardan uzak bir yaşam sürdükten sonra New York'a gitmeye karar verirler. Amaçları, normal gençler gibi kabul edilmek ve şehirdeki insanların kalbini kazanmaktır. Ancak bu yolculuk, beklediklerinden daha karmaşık bir hal alır. Yeni arkadaşları April O'Neil ile tanışırlar ve onun yardımıyla gizemli bir suç örgütünün planlarını bozmaya çalışırlar.

Örgüt, şehri kaosa sürüklemeyi hedeflerken, Kaplumbağa kardeşler ve April bu tehlikeyi durdurmak için birlikte hareket ederler. Ancak işler hızla kontrolden çıkar ve bir mutant ordusu kardeşlerin peşine düşer. Bu durum karşısında ne yapacaklarını bilemezler, ama pes etmezler. Şehri ve sevdiklerini korumak için her türlü tehditle yüzleşmeye kararlıdırlar.