Teen Titans: Trouble in Tokyo, Jump City'nin Saico-Tek adında bir Japon ninja tarafından saldırıya uğramasıyla başlıyor. Titanlıyor, Saico-Tek'i yakaladıktan sonra Brushogun adında bir adamın gizemli bir şekilde kaybolduğunu öğreniyorlar. Bunun üzerine, efendilerini bulmak için Japonya'nın Tokyo kentine doğru yola çıkıyorlar. Tokyo'da, dil engelini aşarak Gorgon benzeri dev bir sürüngenle savaşıyorlar ve Tokyo'nun doğaüstü savunma gücü olan Komutan Uehara Daizo liderliğindeki Tokyo Askerleri ile karşılaşıyorlar. Daizo, Brushogun hakkında sorular sorulduğunda, onun sadece bir şehir efsanesi olduğunu iddia ediyor.

Titanlıyor, Tokyo'da eğlenmeye karar veriyorlar. Robin ve Starfire, birbirlerine olan hislerini ifade etmeye başlıyorlar ancak Robin, Brushogun'a odaklanmaya devam edince Starfire'ı şok ediyor ve bir kahramandan başka bir şey olamayacaklarını söylüyor. Saico-Tek, tek başına Titanları keşfediyor ve Robin'e saldırarak ninjaları alt ediyor. Saico-Tek yere yıkılınca, Daizo Robin'i onu öldürdüğü gerekçesiyle tutukluyor. Bu arada, küçük bir kız Starfire'a yaklaşarak onu teselli ediyor ve Robin'in önceki itirazlarına rağmen aralarındaki romantik duyguların aslında karşılıklı olduğunu fark etmesini sağlıyor.

Tokyo belediye başkanı, Robin'in tutuklandığını duyuruyor ve diğer Genç Titanlara ya teslim olmalarını ya da Tokyo'yu terk etmelerini söylüyor. Starfire, diğer Titanları arıyor ve yeniden bir araya gelmeye çalıştıklarında Brushogun, Titanları yok etmek için minyonlarını gönderiyor. Robin, daha güvenli bir yere nakledilirken, Brushogun'un yazılı bir kağıt parçası, onu taşıyan zırhın içine giriyor ve patlayarak onu serbest bırakıyor. Robin, Brushogun'un gerçekten var olduğuna dair bilgi toplamak için Shinjuku soyguncusunun kimliğini kullanıyor.