Gotham şehri, son zamanlarda çeşitli teknolojik cihazların çalındığı bir dizi soygunla sarsılıyor. Batman, bu olayların sıradan suçlar olmadığını fark ederek araştırmaya başlıyor. Olay yerine vardığında, daha önce hiç karşılaşmadığı dört ilginç yaratıkla karşılaşıyor. Kendilerini Ninja Kaplumbağalar olarak tanıtan bu varlıkların dost mu düşman mı olduğunu anlamaya çalışırken, onların da Shredder isimli suçlunun peşinde olduğunu öğreniyor ve böylece Batman, Ninja Kaplumbağaları ekibine katmaya karar veriyor.

Batman, Robin, Yarasa Kız ve Ninja Kaplumbağalar, bu teknoloji soygunlarını kimin gerçekleştirdiğini bulmak için bir araya geliyor. Çalınan teknolojik aletlerin ve formüllerin tehlikeli olduğunu bilen ekip, bu soygunların arkasındaki amacın ne olduğunu anlamaya çalışıyor. Shredder için de tetikte olan ekip, araştırmalarına hızla başlıyor ve bu süreçte genç Ninja Kaplumbağalar, Batman’in sabrını zaman zaman zorluyor. Ancak ekip, hem Shredder’ın hem de diğer suçluların peşinden koşmayı başarıyor.