Milo Thatch ve ekibi, Atlantis'i keşfederken, şehrin büyülü kristalleriyle karşılaşıyorlar. Kida, bu kristallerin olağanüstü gücünü fark ediyor ve bu güçle ne yapacağına karar vermesi gerekiyor. Güneybatı'nın çöllerinden Kuzey'in buzullarla kaplı zirvelerine uzanan yolculukları sırasında, dev deniz canavarları ve göz alıcı ruhlarla karşılaşıyorlar.

Atlantis'in Kalbi'nin gizemi, ekibi daha fazla tehlikeye sürüklüyor. Kida, bu gücü gizli tutup tutmama konusunda ikilemde kalıyor. Ekip, tarihe meydan okuyan efsanelerle yüzleşirken, çözüm arayışları esrarengiz güçleri ortaya çıkarıyor. Macera, beklenmedik olaylarla dolu.