Appleseed Alpha, genç savaşçı Deunan ve cyborg ortağı Briareos'un distopik bir gelecekte insanlığın kurtuluşunu arayışını konu alıyor. Deunan, efsanevi Olympus şehrini bulmak için cesurca mücadele ederken, Briareos ile birlikte karşılaştıkları zorluklara rağmen ayakta kalmaya çalışıyorlar. İkili, bu tehlikeli yolculukta hem düşmanlarla savaşıyor hem de insanlık için bir umut kaynağı olmayı hedefliyor. Maceraları, onları beklenmedik keşiflere ve zorlu sınavlara sürüklüyor.