Film, Rorschach'ın eski bir süper kahraman olan Edward Morgan Blake'in öldürülmesini araştırmasıyla başlıyor. Rorschach, Blake'in aslında The Comedian olduğunu ve cinayetinin bir komplo olabileceğini düşünüyor. Bu durumu eski takım arkadaşlarına anlatmaya çalışıyor.

Dan Dreiberg, Laurie Juspeczyk ile bir araya geliyor ve ikisi de Rorschach'ın uyarılarını ciddiye alıyor. Bu sırada Laurie, Dr. Manhattan ile olan ilişkisini sorguluyor ve Dan ile daha fazla vakit geçirmeye başlıyor. Dr. Manhattan, Laurie'nin kendisinden uzaklaşmasıyla insanlığa olan ilgisini kaybediyor ve Mars'a gidiyor.

Adrian Veidt, Ozymandias kimliğiyle kendi planlarını yürütüyor. Rorschach, Blake'in cinayetinin ardındaki komployu araştırırken tuzağa düşürülüyor ve hapse atılıyor. Hapiste, eski düşmanlarıyla yüzleşmek zorunda kalıyor.

Dan ve Laurie, Rorschach'ı hapisten kaçırmak için bir plan yapıyor ve başarılı oluyorlar. Üçü birlikte Adrian'ın planlarını ortaya çıkarmak için çalışıyor. Bu sırada Dr. Manhattan, Mars'ta insanlık ve evren üzerine düşüncelerini derinleştiriyor.

Adrian'ın planı, dünya barışını sağlamak için büyük bir yıkım yaratmak. Dr. Manhattan ve diğerleri, Adrian'ın Antarktika'daki üssüne gidiyor. Ancak Adrian, planını çoktan başlatmış durumda. New York'ta büyük bir patlama gerçekleşiyor ve milyonlarca insan ölüyor.

Dr. Manhattan, Adrian'ın planını durduramıyor ve sonunda onunla uzlaşmak zorunda kalıyor. Rorschach, bu durumu kabul etmiyor ve Dr. Manhattan tarafından öldürülüyor. Dan ve Laurie, yeni bir hayata başlamak için kimliklerini değiştiriyor ve birlikte yaşamaya karar veriyorlar.