Khan, genetik olarak üstün yeteneklere sahip bir suçlu. Yıllar önce Ceti Alpha 5 gezegenine sürülmüş. Oğlunun ölümünden kaptan Kirk'ü sorumlu tutuyor. Bir gün komandör Chekov yanlışlıkla Khan'ın bulunduğu yere ışınlanıyor. Bu, Khan için bir fırsat.

Khan, parazitik bir yaratıkla kurbanlarının beyinlerini kontrol ediyor. Yıldızgemisi Reliant'ı ele geçiriyor. Genesis Effect adlı bir projeden ekipman çalıyor. Bu ekipmanla Kirk'ü yok etmeyi planlıyor. Genesis Effect, yeni bir gezegen yaratmayı amaçlıyor ama tehlikeli.

Kirk ve ekibi, arkadaşlarını kurtarmak için her şeyi göze alıyor. Khan'ın planlarını bozmak için zekâ ve cesaret gerekiyor. Star Trek II: Khanın Öfkesi, bu mücadeleyi anlatıyor. Gerilim dolu anlar. Her şey değişebilir.