Kubo, geçmişten gelen lanetli bir varlıkla karşılaşınca olaylar zinciri başlıyor ve bu varlık, Kubo'dan almak istediği şeyi elde edene kadar durmuyor. Kubo, bu tehdit karşısında cesaretini toplayarak mücadele etmeye karar veriyor ve bu süreçte ailesinin geçmişine dair sırları keşfediyor. Kubo ve Sihirli Telleri, Kubo'nun bu zorlu yolculuğunda ona eşlik eden dostlarıyla birlikte yaşadığı maceraları anlatıyor. Bu macera, Kubo'nun hem kendini hem de ailesinin mirasını daha iyi anlamasına olanak tanıyor.