LexCorp'un kazı ekibi, genetiği değiştirilmiş bir süper asker olan Doomsday'in uzay aracını keşfediyor. Doomsday, kazı ekibini öldürdükten sonra Metropolis'e saldırıyor ve hem hayvanları hem de insanları yok etmeye başlıyor. Orduyu alt eden Doomsday, Superman gelene kadar Metropolis'te kaos yaratıyor. Superman ve Doomsday, Metropolis'te şiddetli bir çatışmaya giriyor ve sonunda Superman galip geliyor, ancak Lois'in elindeki yaralara yenik düşüyor.

Lex Luthor, LexCorp'un Doomsday'in serbest bırakılmasındaki rolünü gizlemek için kişisel asistanı Mercy Graves'i öldürüyor. Dünya, Superman'in kaybını yas tutarken Metropolis, onu bir anma töreniyle onurlandırıyor. Superman'in arkadaşları, onun ölümüne farklı şekillerde tepki veriyor. Perry White alkol bağımlısı hale gelirken, Clark'ın Superman olduğunu fark eden Lois, tavsiye almak için Martha Kent'e başvuruyor. Superman’in yokluğunda Metropolis, suçluların eline geçiyor ve Toyman, çocukları rehin almak için dev bir mekanik örümcek kullanıyor.

Lois, durumu kendi başına çözmeye karar veriyor, ancak Toyman onu ve küçük bir kızı öldürmeye çalışıyor. Superman, mezarından dirilerek Toyman'ı yakalıyor ve Lois ile kızı kurtarıyor. Lois, bu durumu şok içinde görmezden gelse de, Martha, Clark'ın evini aramadığını söyleyince şüphelenmeye başlıyor. Dirilen Superman'in, gerçek Superman'in vücudunu bir tüpte saklayan Luthor tarafından yaratılan bir klon olduğu anlaşılıyor.

Luthor, özel bir odada kurşun kaplı bir şekilde periyodik olarak bir Superman klonuna işkence yapıyor. Yalnızlık Kalesi'nden bir robot, Superman'in hala hayatta olduğunu keşfediyor, vücudunu arıyor ve onu iyileştirmeye başlıyor. Bu sırada, Toyman'ın çocuğu öldürdüğünü öğrenen klonun davranışları daha da karanlık bir hal alıyor. Misilleme olarak, klon kötü adamı kaçırıyor ve onu karakolun önünde öldürüyor.