Sünger Bob'un sevimli evcil hayvanı Gary, kötü niyetli Poseidon tarafından kaçırılarak Kayıp Şehir Atlantis'e götürülüyor. Sünger Bob, en yakın arkadaşı Patrick ile birlikte Gary'yi kurtarmak için yola çıkıyor. İkili, Atlantis'in gizemli atmosferinde karşılaştıkları zorluklarla dolu bir maceraya atılıyorlar, ancak bu şehirde her şey dikkatlerini dağıtmakta oldukça başarılı oluyor.

Yolculukları sırasında oyunlar, lezzetli yiyecekler ve keşfedilecek yeni şeylerle dolu bir serüvenin içine çekiliyorlar. Sünger Bob ve Patrick, Gary'yi kurtarma planlarını sürekli olarak erteliyorlar çünkü Atlantis'in cazibesi onları eğlenceli bir maceraya sürüklüyor. Sonunda, Gary'yi Poseidon'un hain planlarından kurtarmak için ellerinden geleni yapıyorlar.