2089 yılında, İskoçya yakınlarında iki arkeolog Elizabeth Shaw ve Charlie Holloway, antik bir kalıntıda dikkat çekici bir yıldız haritası keşfediyor. Bu haritaların LV-223 adında bir gezegeni işaret ettiğini öne sürüyorlar ve Weyland Corporation’ın CEO'su Peter Weyland, bu gezegene bir keşif seferi düzenlemek için finansman sağlıyor. Ekip, ulaştıkları gezegenin Dünya’ya benzer özellikler taşıdığını ancak aşırı nitrojen içeriği nedeniyle yaşam belirtilerinin gözlemlenmediğini fark ediyor. Burada aradıkları taş yazıtlarını bulmaya çalışırken, bir insansı kafatası ve vücut kalıntıları keşfediyorlar ve bu kalıntıların, insanları Dünya’ya getiren mühendis olarak adlandırdıkları varlıklara ait olduğunu düşünüyorlar.

Geminin laboratuvarında, insan DNA’sı ile mühendis DNA’sını karşılaştıran ekip üyelerinden biri, DNA silindirindeki sıvıdan bir miktarını Charlie’nin içeceğine karıştırıyor. Bir süre sonra Charlie ile Elizabeth arasında bir ilişki başlıyor ancak Charlie hızla hastalanıyor ve keşif dönüşünde Vickers, onu gemiye almak istemediğinden ateşli silah kullanarak öldürüyor. Hamile kalması mümkün olmayan Elizabeth’in hamile olduğu ortaya çıkıyor. Ekibin büyük bir kısmı, yaratıklar tarafından saldırıya uğrayarak hayatını kaybederken, Elizabeth elindeki DNA sıvısıyla birlikte başka bir gemiyle Dünya’ya dönerek araştırmalarına devam ediyor.