Men in Black serisinin bu yeni bölümünde, siyah giyen ajanlarımız bir köstebeğin peşine düşüyor. Uzaylılara ait bilgileri sızdıran köstebeğin, 23 yıl önce ailesi hafıza silme işlemiyle etkisiz hale getirilen Molly Wright olduğu ortaya çıkıyor. Molly, devletin uzaylı hayalleri gördüğünü düşündüğü için reddedilse de, kendi çabalarıyla New York'ta bir uzaylıyı takip ederek Siyah Giyen Adamların merkezine ulaşıyor ve içeri girmeye çalışırken yakalanıyor. Burada Ajan O ile yaptığı görüşmenin ardından Ajan M olarak göreve alınıyor.

Serinin bu bölümünde ajanların ekipmanları ve sayıları artarken, uzaylılar da güçlenmiş ve çoğalmış durumda. Güçlenen uzaylılar dünyaya saldırmaya karar verdiğinde, acemi Ajan M, deneyimli ve ödüllü Ajan H ile iş birliği yapmak zorunda kalıyor. İki ajan, güçlerini birleştirerek dünyayı kurtarmaya kararlıyken, uzaylılar da dünyayı yok etme konusunda kararlılığını sürdürüyor. Ajan M ve Ajan H, bu zorlu mücadelede birlikte çalışarak dünyayı kurtarmak için ellerinden geleni yapıyorlar.