Kaplumbağalar, zamanda yolculuk yaparak 17. yüzyıl Japonya'sına adım atıyorlar. Burada, iki hanedan arasındaki iktidar mücadelesine karışıyorlar. Leonardo, Donatello, Raphael ve Michelangelo, samuraylarla karşılaşıyor ve onlarla iş birliği yapıyorlar. Feodal Japonya'nın karmaşasında, iyilerin yanında yer almayı seçiyorlar. Bu sırada, dört samuray da günümüze geliyor ve modern dünyayı keşfetmeye başlıyorlar.

Kaplumbağalar, Japonya'da yeni dostlar edinirken, samuraylar da günümüz dünyasında hayatta kalmaya çalışıyor. İki grup, kendi zamanlarına dönmenin yollarını ararken, karşılaştıkları zorluklarla başa çıkmak zorunda kalıyorlar. Kaplumbağalar, samurayların yardımıyla hanedanlar arasındaki çatışmayı çözmeye çalışıyor. Ancak işler her zaman planlandığı gibi gitmiyor, beklenmedik olaylar gelişiyor. Sonunda, herkes kendi zamanına dönmenin bir yolunu buluyor.