Iga ve Koga köyleri arasında yıllarca süren çatışmalar sona erer. Shinobi savaşçıları, savaş meydanlarından çekilip günlük hayata karışır. Iga'dan bir adam, Koga'dan bir kızla karşılaşır. Bu karşılaşma, eski düşmanlıkların gölgesinde yeni bir dönemi başlatır. İkili, geçmişin izlerini taşırken birbirlerine yaklaşır.

Eski düşmanlıklar kolay unutulmaz. Tehlikeler ve gizemlerle dolu yollar onları bekler. Shinobi'nin mirası, sadece tekniklerde değil, bu iki kişinin seçimlerinde de hayat bulur. Farklı engellerle yüzleşirler. Hem kendi köylerinden hem de dışarıdan gelen tehditlerle mücadele ederler.

Shinobi'nin İzinde, beklenmedik anlarda sınar. Bazen kayıplar yaşanır, bazen de zaferler kazanılır. İki dünyayı birbirine bağlayan bir köprü gibi ilerler. Aniden biter.