Genç ve yalnız Shaggy Rogers, Scooby-Dooby-Doo adını verdiği konuşan bir köpekle tanışıyor ve onu evlat ediniyor. Cadılar Bayramı gecesi, Scooby-Doo ve Shaggy, Fred Jones, Daphne Blake ve Velma Dinkley adındaki üç dedektifle tanışma fırsatı buluyorlar. İçeri girdiklerinde, kostümlü bir hırsız olan Bay Rigby'nin maskesini düşürdüğü bir hayaletle karşılaşıyorlar ve bu deneyimden ilham alarak, gizemleri çözmek için Mystery Inc. adında bir ekip kurmaya karar veriyorlar.

On yıl sonra, Mystery Inc. girişimci Simon Cowell ile iş yapmaya başlıyor ancak Cowell, Shaggy ve Scooby'yi dışlayarak onlarla iş yapmayı reddediyor. Bu durum, ekip üyelerinin cesaretini kırıyor ve Shaggy ile Scooby, Mystery Inc.'den ayrılmak zorunda kalıyor. O gece ilerleyen saatlerde, Shaggy ve Scooby bir bowling salonunda saldırıya uğruyor ve Rottens adındaki küçük robotlar tarafından kovalanmaya başlıyorlar. Neyse ki, ikili Dee Dee Skyes, Dynomutt ve maskeli süper kahraman Blue Falcon tarafından kurtarılıyor.

Daha sonra, Rottens'in, Cerberus'un üç kafatasının ardındaki gizemin kaynağı olan bir planın parçası olarak Scooby'yi yakalamak isteyen suçlu Dick Dastardly'ye ait olduğu anlaşılıyor. Scooby ve arkadaşları, bu tehlikeli planı durdurmak için bir dizi maceraya atılıyorlar ve bu süreçte birçok engelle karşılaşıyorlar. Tüm bu olaylar, ekibin dostluklarını ve cesaretlerini sınarken, onları beklenmedik bir serüvene sürüklüyor.