The Boss Baby, 7 yaşındaki Tim'in bir kardeşinin doğmasıyla başlıyor. Tim, bu yeni bebeğin ebeveynlerinin yanında normal bir bebek gibi davrandığını, ancak onların göremediği anlarda bir yetişkin gibi hareket ettiğini fark ediyor. Kardeşinin bu davranışlarını kayda alarak ebeveynlerine göstermek istiyor, fakat bebek buna engel oluyor ve Tim, kardeşiyle iyi geçinemediği için cezalandırılıyor. Daha sonra Tim, bebeğin bir şirkette gizli görevde olduğunu öğreniyor. Bebek, yavru köpeklerin bebekler kadar ilgi görmesinin nedenini araştırmakla görevlendirilmiş ve bu görevi yerine getiremezse, Tim’in ailesinin evinde büyümek zorunda kalacak. Tim ve bebek, bu durumu önlemek için birlikte çalışmaya karar veriyorlar. Bebeğin bu aileye gelme sebebi ise Tim’in ebeveynlerinin Poppy Co isimli şirkette çalışıyor olmaları. Poppy Co’nun CEO’su, daha önce tıpkı bebek gibi olan, ancak kovulup büyümeye başlayan Francis adında biri ve bu durum, bebeğin işini daha da zorlaştırıyor.