Örümcek Adam 3 filminde, Peter Parker uzaydan gelen bir organizmanın etkisi altına giriyor. Bu organizma, Peter'ın kostümüne yapışarak onu siyah bir Örümcek Adam'a dönüştürüyor ve bu durum Peter'ın davranışlarını olumsuz etkiliyor. Peter, bu süreçte yeni düşmanlar edinirken, eski dostlarıyla da sorunlar yaşamaya başlıyor. Harry Osborn, babasının intikamını almak için Peter'a karşı harekete geçiyor ve aralarındaki çatışma giderek büyüyor. Bu sırada, Eddie Brock da Venom'a dönüşerek Peter'a karşı bir tehdit oluşturuyor.