Shung Tsung'un yenilgisinin ardından, Baraka'yı Wu Shi Akademisi'ni kuşatması için görevlendirir. Wu Shi Akademisi'nde, Johnny Cage, Lui Kang, Kung Lao ve Sonya Blade'in ödül töreni sırasında kuşatma başlar. Dört kahraman akademiyi savunmaya çalışırken, Sonya Blade kaçırılır ve birçok Shaolin öğrencisi hayatını kaybeder.

Hayatta kalan Lui Kang ve Kung Lao, Raiden'in yardımıyla Reptile, Baraka ve Goro gibi dövüşçüleri alt eder. Sonunda, Kitana ve Raiden'in yardımıyla Shung Tsung'un bulunduğu yer, Foundry olarak tespit edilir. Lui Kang ve Kung Lao, Shao Kahn'ı durdurmak için Shung Tsung'u ve Kintaro'yu yenmeyi başarır. Earthrealm kurtarılır.