Yıl 2047, Ryan adı verilen bir ajan Konfederasyon Merkezi Hükümetine karşı gizli bir görevle yola çıkar. Yeşil Savaş diye adlandırılan bu dönemde, Ryan haince suçlamalarla karşı karşıya kalır ve gerçekleri ortaya çıkarmak için kanıt toplamaya çalışır. Ancak işler hiç de planlandığı gibi gitmez. Görev sırasında Ryan, mutant isyanından sağ kurtulmuş Tuage adlı grupla karşılaşır. Bu karşılaşma her şeyi alt üst eder. Tuage'nin üyeleri kendi amaçları doğrultusunda hareket ederken Ryan da güvenilmez ortamda yolunu bulmaya çalışır. Olaylar çabucak kaosa dönüşür ve hem düşmanlar hem de eski dostlar arasında gidip gelen Ryan, neyin doğru neyin yanlış olduğunu anlamaya çalışır. Ryan Yeşil Savaşı, bir yandan hükümetin karanlık yüzünü açığa çıkarırken diğer yandan da mutantların hayatta kalma mücadelesini gözler önüne serer. Hikaye boyunca beklenmedik ittifaklar kurulur, ihanetler ortaya çıkar ve her şeyin sonu belirsizdir. Ryan için görev sadece kanıt toplamak değil, kendi varoluşunu da sorgulamak haline gelir.