İki gezegen bir kara deliğe doğru sürüklenirken, her biri kendi türünün son temsilcisi olan iki çocuk uzaya fırlatılır. Süper güçlere sahip olan çocuk, bir malikaneye iniş yapar ve Metro Man olur. Diğer çocuk ise mavi tenli ve süper zekalı, bir hapishaneye düşer ve Megazeka haline gelir. Metro City'de Megazeka'nın işleri karıştırmasıyla her şey altüst olur.

Metro Man'in müzesinin açılışı sırasında Megazeka ortaya çıkar, Roxanne Ritchi'yi kaçırır. Metro Man'ı lazerle yok etmeyi planlar, ancak işler planladığı gibi gitmez. Lazer devreye girdiğinde Metro Man kaçamaz ve Megazeka, süper kahramanı yenmeyi başarır. Metro City artık onun kontrolündedir.

Zaferin ardından Megazeka, bir boşluğa düşer. Metro Man müzesini ziyaret ederken Roxanne ile tanışır, kendini Bernard olarak tanıtır. Roxanne, Megazeka'ya karşı çıkacak bir kahramanın geleceğine inanır ve bu durum Megazeka’ya yeni bir fikir verir. Kendisi için yeni bir rakip yaratmaya karar verir.