New York Central Park'taki hayvanat bahçesinde yaşayan Alex adında bir aslan var. En yakın arkadaşları Zebra Marty, Zürafa Melman ve Su Aygırı Gloria ile birlikte huzurlu bir yaşam sürüyorlar. Ancak Marty, hayvanat bahçesinin dışındaki dünyayı merak ediyor ve bir gün penguenlerin yardımıyla kaçmaya karar veriyor. Alex, Melman ve Gloria, Marty'nin kaçtığını fark edince onu bulmak için yola çıkıyorlar.

New York'un kalabalık sokaklarında bir aslan, bir zürafa ve bir su aygırının dolaşması oldukça dikkat çekici. Sonunda Marty'yi Grand Central tren istasyonunda buluyorlar ama hayvanat bahçesine dönecek son treni kaçırıyorlar. Gizemli kişiler tarafından yakalanıp kafeslere kapatılıyorlar ve kendilerini Afrika'ya giden bir gemide buluyorlar. Penguenlerin gemiyi sabote etmesiyle, egzotik Madagaskar adasının sahillerine sürükleniyorlar. Burada, vahşi doğada hayatta kalma mücadelesi başlıyor.