Lilo ve Stiç, Leroy ve Stiç filminde yeni bir maceraya atılır. Galakside işler karışır. Dr. Hamsterviel hapishaneden kaçar. Jumba'yı yeni bir deney yapmaya zorlar. Bu deney, Stiç'in kötü ikizi Leroy'u yaratır.

Hamsterviel, Leroy'u klonlayarak bir ordu kurmayı planlar. Lilo, galaksinin dört bir yanından Stiç ve arkadaşlarını toplar. Her şey daha da karmaşık hale gelir. Kahramanlar, birlikte olduklarında gerçek güçlerini bulur. Büyük bir mücadele başlar.