Evrenin derinliklerinde, dünya parlayan bir yıldızdan çok daha fazlası gibi göz alıcı bir şekilde parlıyor. Ancak kötü niyetli robot Brainiac, gezegenler arasına dünyayı da katmak için sinsi bir plan yapıyor ve gezegene saldırıyor. Brainiac, süperkahramanlarla karşılaşacağı için onları farklı zaman dilimlerine ışınlamayı tercih ediyor. Batman ve Flash, diğer süperkahramanlar olan Superman, Wonder Woman ve Green Lantern’i bulup bir araya gelerek robot Brainiac’a karşı mücadele etmeye çalışıyorlar. Lego: DC – Kozmik Çarpışma'da bu kahramanların bir araya gelerek dünyayı kurtarma çabaları anlatılıyor.