2071 yılında Mars'ta Cadılar Bayramı arifesinde Villain adlı teröristler Otoyol 1'de bir tankeri patlatır. Patlamayla birlikte ölümcül bir virüs yayılır, yüzlerce kişinin hayatı tehlikeye girer. Mars'ta büyük bir panik başlar, yetkililer daha büyük bir saldırıdan korkar. Virüsü yayan kişinin yakalanması için ödül konur.

Bu sırada uzay gemisi Bebop'ta Spike Spiegel ve ekibi, Jet Black, Faye Valentine, Ed ve köpek Ein, parasız günler geçirir. Ödül haberiyle birlikte harekete geçerler. Mars'ın sokaklarından uzayın derinliklerine kadar süren bir kovalamaca başlar. Cowboy Bebop'un bu macerasında ekip, şimdiye kadar karşılaştıkları en tehlikeli düşmanla yüzleşir.