Köstebekya’nın geleceği büyük bir tehdit altındadır. Organik ata tohumlarının ortadan kaybolması, yalnızca köstebeklerin değil tüm dünyanın gıda dengesini tehlikeye atar. Köstebekgiller, dostları Deniz ve Arda ile birlikte bu büyük kaybın izini sürerken karşılarına kötücül planlarıyla tanınan Profesör Ali Cengiz Kapkara çıkar.

Ekip, son kalan ata tohumunu profesörün eline geçmeden bulmak zorundadır. Bu yolculukta hem zekâlarını hem de cesaretlerini kullanmaları gereken kahramanlar, dostluklarının gücünü keşfederken Köstebekya’yı korumak için unutulmaz bir maceraya atılırlar.