2045 yılında, siber askeri Motoko Kusanagi, Section 9’a geri dönüyor. Posthuman tehdidi gün geçtikçe artıyor. Teknoloji ve insanlık arasındaki sınırlar belirsizleşiyor. Motoko, hem düşmanlarla hem de kendi kimliğiyle mücadele ediyor. Ekipteki arkadaşlarıyla bir araya gelip stratejiler geliştiriyorlar. Bir yandan düşmanlarının planlarını bozmak için zamanla yarışırken, diğer yandan geçmişiyle yüzleşmek zorunda kalıyor. Tehdidin boyutları büyüdükçe, herkesin hayatı tehlikeye giriyor. Gelecek belirsiz, ama savaş devam ediyor. Kusanagi’nin kararları her şeyi değiştirebilir.