Kirpi Sonic 2, Sonic'in Green Hills kasabasında Tom ve Maddie Wachowski ile huzurlu günler geçirmesiyle başlar. Sonic, süper güçlerini kullanarak şehri gizlice korumaya çalışırken, Dr. Robotnik Mantar Gezegeni'nden geri döner. Yanında Knuckles the Echidna vardır, Master Zümrüt'ü ararlar. Sonic, bu tehlikeyle başa çıkmak için başka bir boyuttan gelen iki kuyruklu tilki Tails ile tanışır.

Sonic ve Tails, Dr. Robotnik ve Knuckles'ı durdurmak için bir maceraya atılır, dünyanın dört bir yanına giderler. Çeşitli zorluklarla karşılaşırlar, Sonic ve Tails'in iş birliği önem kazanır. Knuckles da Dr. Robotnik'in gerçek niyetlerini anladığında, olaylar beklenmedik bir şekilde gelişir. Sonic ve arkadaşları, dünyayı kurtarmak için birlikte çalışır.