Selene, insan-Lycan melezi sevgilisi Michael ile birlikte Karanlıklar Ülkesi: Evrim'de Vampirlerin atası Marcus'u ortadan kaldırdıktan sonra 15 yıl geçiyor. Bu süre zarfında insanlıyor, Vampirler ve Lycanlar hakkında bilgi sahibi olup her iki türü de yok etmek için büyük bir seferberlik başlatıyor. Soykırım sürecinde yakalanan Selene, on yıldan fazla bir süre sonra bir laboratuvarın içinde tutsak olarak uyanıyor. Antigen, Vampirleri ve Lycan'ları yaratan virüse karşı bir aşı geliştirmeyi amaçlayan güçlü bir biyo-teknoloji şirketi olarak ortaya çıkıyor. Michael'ın öldüğüne dair haber Selene'i derinden yaralasa da, dondurulmuş halde geçirdiği zaman diliminde Michael'dan olan kızı Eve'i doğurduğunu öğrenmesi bu acıyı bir nebze hafifletiyor. Kendi ve kızının güvenli bir sığınak arayışında olan Selene, bir zamanlar gururlu olan türdeşlerinin neredeyse yok olma noktasına geldiği, hayatta kalanların ise yeraltına çekildiği bir dünyada kendini buluyor. Geriye kalan klanlar tarafından dışlanan Selene, genç Vampir David'in yardımıyla, hem kendisini hem de çocuğunu yok etme planları yapan gizli güçlere karşı kanlı bir intikam mücadelesine girişiyor. Geleneksel düşmanları olan Lycanlar bir kez daha güç kazanmışken, Selene bile, Karanlıklar Ülkesi tarihindeki en tehlikeli rakibi olan genetiğiyle oynanmış üstün-Lycan karşısında zayıf görünüyor.