Ethan Hunt ve ekibi, Kremlin'de gizli bir görev sırasında bir patlama meydana gelince suçlanıyorlar. IMF, bu olaydan sorumlu tutuluyor ve kapatılma tehlikesiyle karşı karşıya kalıyor. Ethan ve ekibi, kendilerini temize çıkarmak için Ghost Protocol adı verilen bir operasyon başlatıyorlar. Bu süreçte, hiçbir dış destek almadan ve kimseyle iletişim kurmadan hareket etmek zorundalar.

Ekip, uluslararası bir teröristi durdurmak için Moskova, Dubai ve Mumbai gibi şehirlerde tehlikeli görevler üstleniyor. Dubai'deki Burj Khalifa'da geçen nefes kesici bir sahnede, Ethan binanın dış cephesine tırmanıyor. Mumbai'de ise bir partiye sızarak teröristin planlarını durdurmaya çalışıyorlar. Tüm bu zorluklarla başa çıkarken, ekip üyeleri arasında güven ve işbirliği ön plana çıkıyor.