Oyuncak imparatoru Phillip Eppermint, hapse girdikten kısa bir süre sonra serbest kalıyor çünkü hakkında toplanan tüm deliller bir anda kayboluyor. Ancak bu işin arkasında yine Phillip Eppermint'in kendisi var, parasıyla her şeyi kontrol altına alarak özgürlüğüne kavuşuyor. Bu durum, çalıştırdığı çocuk işçiler için yeni bir tehlike anlamına geliyor ve Alex buna göz yummuyor.

Alex'in annesi Sierra ve babası John, oğullarıyla birlikte Tayland'a doğru yola çıkıyorlar. Bu arada, Phillip Eppermint'in kiraladığı adam, Ninja bebek tarafından yakalanıp ortadan kaldırılıyor. Ninja bebek, bir şekilde yeniden Alex'in yanına dönmeyi başarıyor ve kızgın olan samuray, öfkesini Alex'ten çıkardıktan sonra yeni macerasına atılmaya hazır hale geliyor.

Ninja bebek ve Alex, Phillip Eppermint'in hapisten çıkmasının getirebileceği tehlikelerin farkındalar. Bu nedenle aile, Tayland'a ulaşıyor ve bu sefer Stewart amca da onlara katılıyor. Phillip Eppermint ile yüzleşeceğini bilen Alex ve Ninja bebek, bu oyuncak devinden önce harekete geçmek ve bir adım önde olabilmek için ajanlık maceralarına atılıyorlar. Ancak Eppermint, bu sefer son derece dikkatli davranıyor ve yeniden hapse girmemek için elinden geleni yapıyor.