Borderlands, Lilith'in Pandora gezegenine dönüşüyle başlar. Lilith, burada tehlikeli bir görevle karşılaşır ve eski paralı asker Roland, patlayıcı uzmanı Tiny Tina, koruyucusu Krieg, bilim insanı Tannis ve robot Claptrap ile bir araya gelir. Bu ekip, Atlas'ın kayıp kızını bulmak zorundadır.

Atlas, evrenin en güçlü figürlerinden biridir ve kızının bulunması büyük önem taşır. Ancak kız, evrenin kaderini değiştirebilecek bir güce sahiptir. Lilith ve ekibi, Pandora'nın tehlikelerle dolu ortamında bu zorlu görevi tamamlamaya çalışır. Ortada büyük bir karışıklık.