Gotham Şehri, ardı ardına gerçekleşen suçlarla sarsılıyor ve bu karmaşayı çözmek için Batman harekete geçiyor. Penguen ve onun hayvanlardan esinlenen suç ortakları Animilitia, şehri tehdit eden tehlikeli bir çete olarak ortaya çıkıyor. Çetenin içinde güçlü bir goril olan Silverback, hızıyla tanınan Cheetah, suyun efendisi Killer Croc ve korkunç bir uçan yaratık olan Man-Bat bulunuyor. Batman, bu zorlu rakipleri alt etmek ve Gotham'ın huzurunu yeniden sağlamak için zekasını ve yeteneklerini sonuna kadar kullanmak zorunda kalıyor. Batman Unlimited Animal Instincts, bu mücadelede Batman'in hem fiziksel hem de zihinsel sınırlarını zorladığı bir macerayı gösteriyor.