Gotham'da bir gece, gökyüzünden süzülen Yakuza savaşçıları şehri kuşatıyor. Batman ve Robin, bu kaosun ardındaki gerçeği araştırırken, Japonya'nın yok olduğunu ve yerine Gotham'ın üzerinde asılı duran Hinomoto adlı bir adanın belirdiğini fark ediyorlar. Batman, bu gizemli adanın sırlarını çözmek için yola çıkıyor ve kendini savaşçı klanların ve suç lordlarının yönettiği bir dünyada buluyor. Bu dünyada, Adalet Birliği'nin yozlaşmış ve Yakuza kültürüne uyarlanmış bir versiyonu olan Yakuza Ligi ile karşılaşıyor. Gotham'ı ele geçirmeye hazırlanan bu düşmanlara karşı Batman, eski müttefikleri ve yeni dostlarıyla güçlerini birleştiriyor. Büyük bir mücadele başlıyor ve Batman, Gotham'ın ve kendi dünyasının geleceğini belirlemek için savaş veriyor.