Gotham şehri, Joker'in geri dönüşüyle yeniden kaosa sürükleniyor. Bruce Wayne, yani Batman, Joker ile olan çatışmasında ciddi bir şekilde yaralanıyor ve neredeyse hayatını kaybetme tehlikesiyle karşı karşıya kalıyor. Bu durum, yeni Batman olan Batman Beyond'u harekete geçiriyor. Bruce Wayne'in akıl hocalığını yaptığı Batman Beyond, Joker'i durdurmak ve onun sakladığı sırları ortaya çıkarmak için kararlı bir şekilde harekete geçiyor.