Kenai, abisinin bir ayı tarafından öldürülmesinin ardından, ruhu ayının bedenine aktarılır. Artık bir ayı olarak yaşamaya başlar. İnsan dünyasından kopmuş, ayıların dünyasında yeni bir hayata adım atmıştır. İntikam almak için çıktığı yol, onu tehlikelerle dolu bir serüvene sürükler. Kardeş Ayı filminde, Kenai'nin bu yeni dünyada hayatta kalma çabası ve karşılaştığı zorluklar anlatılır.