Artemis Fowl, dünyaca ünlü kalıntıların çalınmasıyla suçlanıyor ve bu olayla bağlantılı olduğu düşünülüyor. Henüz on iki yaşında olan Artemis, babası Artemis Sr. ile birlikte Fowl malikânesinde yaşıyor ve babasının gemideki değerli parçaları çaldığına dair söylentileri öğreniyor. Bu sırada, kukuletalı bir figürden telefon alarak babasının çaldığı nesneyi bulup geri getirmesi için üç gün süresi olduğunu öğreniyor. Artemis, koruması aracılığıyla gizli bir kütüphanenin yerini keşfederken, on iki yaşındaki kuzeni Dom da malikâneye katılıyor.

Artemis, babasının günlüğüne ulaşarak birçok bilgi ediniyor ve ardından Tara tepesini gözetlemek üzere Dom’u oraya göndermeye karar veriyor. Tüm bu gelişmelere rağmen, Artemis babasının adını aklama konusunda kararlıdır. Verilen tüm emirlere karşı çıkarak Beechwood’un kimlik etiketini bulmak için Tara Tepesine doğru yola çıkıyor, ancak kısa süre içinde Dom tarafından yakalanarak malikâneye hapsediliyor. Malikâne, ordular tarafından baskına uğrarken Artemis ve Dom, Holly’nin ekipmanlarını alarak mücadele etmeye karar veriyorlar.

Artemis, bir çözüm bulmak amacıyla Holly’yi vermek şartıyla Aculos’u talep ediyor ve diğerlerinin malikâneye girmesini engelliyor. Daha sonra Holly, Artemis, Juliet ve Dom birlikte kaçarken, Dom bir trolü öldürüyor ve Mulch Aculos’u yutuyor. Dom ciddi şekilde yaralanıyor, ancak Holly’nin güçleri sayesinde emirleri hiçe sayarak Dom’u yeniden iyileştiriyor.